V rámci konzulské gardy pro plánovanou invazi do Anglie byl dekretem z 30.fructiodoru roku XI (17.9.1803) zformován prapor námořníků. Byl organizován ve struktuře námořní jednotky o pěti oddílech, v počtu 337 mužů, kteří byli vybráni námořním prefektem, hodnostní označení i plat měli jako gardová jízda a podle uniforem ve stylu jízdy jim armáda přezdívala námořní husaři.
Po vzniku císařství byl dekretem z 10. thermidoru roku XII (29.7.1804)početní stav praporu rozšířen na 818 mužů včetně důstojníků. Tímto datem začíná existovat jednotka s názvem Bataillon des marins de la Garde imperiále.
Pro tažení roku 1805 bylo z tábora u Boulogne 15.9.1805 vyčleněno 120 mužů pro Německou armádu. Po bitvě u Slavkova, které se přímo neúčastnili, zůstali hlídkovat na Dunaji až do odvolání vojsk počátkem roku 1806. Po vyhlášení války s Pruskem bylo do září roku 1806 dalších 100 námořníků praporu včleněno do sestavy Velké armády. Aktivně se zúčastnili bitvy u Jílového a stavby mostu u Marienwerderu (dnes Kwidzin). Tyto oddíly stačily v tomto tažení provést ještě výzvědnou misi v Gdaňsku a dne 19.4.1807 byly všechny zbývající oddíly praporu včleněny do sestav Velké armády. Následoval návrat do Paříže, odkud po krátkém odpočinku vyrazili na tažení do Portugalska, pro které bylo vyčleněno 579 námořníků z celkového počtu 737 mužů praporu. Po ostudné kapitulaci u Balenu měla jednotka pro Portugalsko 400 mrtvých a raněných. Po těchto deprimujících ztrátách byl prapor 27.3.1809 zredukován na četu, v počtu 148 mužů. V následující válce s Rakouskem vybudovali spolu s ženisty pontonový most u ostrova Lobau, kolem kterého následně na člunech hlídkovali. Tento most se stal klíčovým pro bitvy u Aspern a Wagramu. Dne 17.7.1809 vstoupili do Vídně a potom se 16.12. téhož roku vrátili do Paříže. Dekretem z 16.9.1810 se začal budovat nový prapor námořníků gardy, který měl dosáhnout počtu 1 136 mužů v 8 oddílech, ale do roku 1812 bylo kompletně zformováno jen 6 oddílů. Počátkem roku 1812 byl jeden oddíl odvelen do Cádizu a ostatní oddíly začleněny do sestavy Velké armády pro tažení do Ruska. V tomto konfliktu tito muži plně prokázali svou oddanost a všestrannost. Po obsazení Moskvy jako dělostřelci hlídali Kreml a po jeho podminování jako poslední opouštěli město. Na závěr velkého ústupu z Ruska, za velkých mrazů a pod nepřátelskou palbou, stavěli mosty přes řeku Berezinu. Po tomto tažení byl prapor prakticky zničen. 15.12.1812 zbývalo z pěti oddílů jen 85 mužů a i tito udrželi nejlepší tradice gardy. Po abdikaci císaře Napoleona I. Jej 21 námořníků doprovázelo na ostrov Elbu a zbylých 340 mužů doplněného praporu se do 30.6.1814 dočkalo svého prvního rozpuštění. Dne 19.5.1815 bylo 150 námořníků gardy aktivováno k vytvoření oddílu, který byl v bitvě u Waterloo (18.6.1815) přivelen ke gardovému dělostřelectvu. Svou činnost ukončili brilantní obranou Paříže u Chateauroux. Ke dni konečného rozpuštění 15.8.1815 tento oddíl čítal 57 mužů námořníků gardy.
Štáb praporu:
1 kapitán 1. třídy, 1 starší adjutant, 1 desátník-pokladník, 1 zdravotník.
Pět oddílů ve složení:
1 fregatní kapitán – velitel lodi, 1 kapitánporučík – jeho zástupce, 5 námořních poručíků, 5 loďmistrů, 5 podloďmistrů, 5 námořních ubytovatelů, 125 námořníků, 1 trubač, 1 bubeník.
Sestavu praporu doplňovali:
1 loďmistr-obuvník, 1 loďmistr-krejčí, 1 loďmistr-zbrojař.
Pro nepřetržitou službu v Paříži byla postavena jednotka ve složení:
1 loďmistr, 1 podloďmistr, 3 lodní ubytovatelé, 60 námořníků.
Celkem tedy prapor tvořilo 818 mužů včetně důstojníků a poddůstojníků.
V sestavě praporu jsou použity tyto české ekvivalenty francouzských námořních hodností a funkcí:
Capitaine de vaisseau – kapitán 1. třídy, adjudant major – starší adjutant,capitaine de frégate – fregatní kapitán,lieutenant de vaisseau – kapitánporučík, lieutenant ou enseigne – námořní poručík, officier de santé – zdravotník, maître – loďmistr, contre-maître – podloďmistr,qaurtier-maître– lodní ubytovatel, matelot – námořník.